Der Wechsel von Basel nach Mainz und die Übernahme der Leitung der interdisziplinären wissenschaftlichen Einrichtung Studium generale führte zu einer Neuausrichtung der Forschungsaktivitäten insbesondere auf Wissenschaftsorganisation sowie fächerübergreifende Forschung und Kooperation. Interdisziplinarität, oft als Organisationsform wissenschaftlichen Arbeitens begriffen, ist primär eine persönliche Kompetenz, die eine Weitung der wissenschaftlichen Wahrnehmung ermöglicht. Das Studium generale entwickelt und erprobt Wege, diese Kompetenz zu vermitteln und Interdisziplinaritätsforschung mit universitärer Praxis zu verbinden. Daraus ergibt sich für den Leiter die Mitwirkung in verschiedenen Interdisziplinären Arbeitskreisen sowie in den Zentren für Interkulturelle Studien und für Umweltforschung.
Weitere Schwerpunkte der Forschungsarbeit sind Existenzphilosophie, insbesondere Karl Jaspers, und Interkulturelle Philosophie sowie Wissenschaftstheorie und Argumentationsanalyse. Zum Schwerpunkt Editionstätigkeit sind zu nennen: Mitherausgeberschaft der "Gesammelten Werken" Johann Jakob Bachofens, redaktionelle Leitung der kritischen Gesamtausgabe der Werke Jacob Burckhardts, Herausgabe von Bänden in der begleitenden Reihe "Beiträge zu Jacob Burckhardt" und zu Karl Jaspers.
Die derzeitigen Projekte und Publikationen führen die skizzierten Forschungsrichtungen weiter. Neben der Editionstätigkeit mit ihrer geschichts- und kulturphilosophischen Orientierung gewinnt die Interkulturelle Philosophie zunehmende Bedeutung. Als philosophische Forschung im Dienst der Kommunikation zwischen den Kulturen verstanden, werden in einem Forschungsvorhaben vor allem das Verhältnis von Kulturalität und Subjekt und damit die Konsequenzen der Begrenztheit kultureller Horizonte herausgearbeitet. Als neues Forschungsinteresse kommen Fragen zur Ethik und Bioethik hinzu, die unter argumentationsanalytischen und interkulturellen Aspekten untersucht werden.